Para determinar la estrategia de desarrollo, primero identificamos el nivel de la organización al cuál debemos dirigir la mayor cantidad de trabajo del proyecto, teniendo en cuenta que casi siempre los sistemas de información terminan abordándolos todos (en la misma fase, o en etapas posteriores).
El nivel inferior de la organización corresponde al nivel operativo. Incluye todos los procesos funcionales de la empresa. Para la elección de sistemas de información en este nivel, debe entenderse la mecánica de la empresa, los procesos, los flujos de información y el tamaño de la misma. Habitualmente se implementan a corto plazo y el riesgo en la implementación es relativamente bajo. Incluyen actividades que a menudo son repetitivas y estructuradas, lo cual permite establecer flujos fijos, indicadores simples y tareas puntuales.
El nivel intermedio, o nivel Táctico es el nivel que involucra a los jefes intermedios de la organización. Las decisiones de este nivel requieren conocimiento interno de la empresa y sus procesos básicos. Un sistema en este nivel es el más complejo de implementar por cuanto los jefes intermedios son los que menos preparación gerencial tienen pero más presión superior e inferior soportan; por este motivo, la prioridad al implementar nuevas estrategias retrasa sus metas frente a los jefes y desgasta su imagen ante sus grupos de trabajo, con lo cual suelen darle mayor prioridad a las actividades diarias que a la implementación de nuevas soluciones. Su toma de decisiones puede cambiar la forma de trabajo, pero no el rumbo de la organización.
El nivel de decisión superior o nivel estratégico, involucra a la alta gerencia, y es aquel que puede cambiar de rumbo una empresa. La implementación de sistemas de información para su apoyo requieren de un plazo elevado, ya que depende de la información extraída de los niveles inferiores; su riesgo es elevado, al igual que su complejidad. Las decisiones tomadas en este nivel son normalmente no estructuradas, creativas y por lo tanto dificilmente se pueden modelar. Sin embargo, los sistemas de apoyo necesitan ser en extremo estructurados, y lo suficientemente flexibles para representar la empresa en una sola hoja.